L’édifice religieux daterait du Vème et VIème siècles et a été vraisemblablement étendu au VIIIème puis au XIIème siècles.
Mise en lumière en 1956 par le Père Paul-Célestin CHARLIER, moine de l’abbaye bénédictine de Maredsous en Belgique, la chapelle a été restaurée pour être rendue au culte et d'autre part pour devenir un lieu d’accueil fraternel pour des personnes voulant prendre un temps de retraite à la source de la parole de Dieu.
Le père Paul-Célestin a été secondé par plusieurs personnes dont le père Hubert de BONHOME, et tous ceux que la cloche appelait pour la liturgie dominicale afin d’assurer la continuité de l’histoire spirituelle de Notre-Dame de Pépiole.
En 1989, Monseigneur MADEC a érigé la Communauté chargée de la vie spirituelle en Association privée de Fidèles.
La particularité architecturale de la chapelle réside dans la juxtaposition de trois nefs disposant chacune d’une absidiole.
En outre les vitraux présentent une originalité certaine puisqu’ils sont réalisés avec des fonds de bouteilles de toutes les couleurs. L’heureux effet de la lumière du soleil permet à chaque vitrail de révéler son sens biblique.
Derrière l’autel de gauche, la statue de la Vierge à l'Enfant, vénérée depuis le XVIème, réalisée en bois doré de sorbier, porte les stigmates de la Révolution.
La chapelle est inscrite à l’inventaire des Monuments historiques depuis 1967.